舟山市總工會成立于1987年3月，現設主席1人，副主席3人，掛職副主席1人，兼職副主席2人，經費審查委員會主任1名。下設辦公室（經審辦）、基層工作部、經濟保護部（技協辦）、權益保障部、財務部（資產監管部）、市直屬工會工作部5部1室及市工會女職工委員會。下屬五個事業單位：市財貿工會、市海員產業工會委員會、市工人文化宮（市職工業余學校）、市總工會職工維權幫扶中心、市總工會普陀山工人休養院。
    市總工會是本市各縣（區）、功能區總工會，市產業工會，市直屬部門工會的領導機關，市總工會由市委、省總工會領導，其主要職責是：
    一、根據黨的路線、方針、政策和中心任務及市委和上級總工會的工作部署，開展工運理論研究， 擬定舟山工運發展規劃，確定新區（全市）工會工作的基本思路和工作目標任務，指導新區（全市）工會工作。

   二、貫徹執行上級總工會和市工會代表大會的決議，依照法律和《中國工會章程》，組織和指導新區（全市）各級工會認真履行維護、建設、參與、教育的社會職能。

   三、發揮黨和政府聯系職工群眾橋梁和紐帶作用，及時向新區黨工委、管委會和市委、市政府以及上級總工會反映職工群眾的意愿和要求，提出意見和建議；參與涉及職工切身利益的政策、制度的制定；參與涉及職工合法利益的重大問題調查處理；參與困難職工幫扶救助，提供服務平臺。

   四、依照《工會法》和《中國工會章程》，負責指導基層工會自身改革和建設；協同縣（區）委、功能區和市有關產業系統、直屬單位黨委（黨組）做好工會領導干部管理工作，負責工會干部的管理和培訓。

   五、受市委、市政府委托，負責組織實施市勞模、市“五一”勞動獎章（狀）獲得者的評選、表彰以及管理服務工作；負責全國、省勞模和模范集體以及全國、省“五一”勞動獎章（狀）獲得者的推薦、管理服務工作。

   六、組織和代表職工參與國家、社會事務管理，指導檢查督促企事業單位實行廠務公開民主管理；參與協調勞動關系，為職工提供法律援助；參與對企業安全生產保護進行檢查督促；參與職工傷亡事故的調查處理。

   七、參與對職工隊伍思想政治教育，組織指導基層工會文化體育陣地建設，指導基層工會開展職工文化體育活動；負責工會新聞輿論媒體宣傳。

   八、依照《工會法》和《工會女職工委員會工作條例》，負責基層工會女職工組織建設，依法維護女職工的合法權益和特殊利益；組織開展符合女職工特點的活動。

   九、負責工會經費的收繳、使用、管理以及審查、審計監督工作；負責工會資產管理、增值保值。

   十、開展與境外城市工會的交流合作，發展同港澳臺工會組織的友好關系。

   十一、承辦新區黨工委、管委會和市委、市政府以及 上級總工會交辦的其他事項。